Risque génétique : regarder les cellules une à une
· Rédaction BehindLines
Pourquoi une différence dans l'ADN augmente-t-elle le risque d'une maladie ? Selon l'institut Garvan, trois travaux parus le 28 octobre dans Nature cherchent à préciser la réponse en observant les cellules immunitaires séparément. Le projet australien TenK10K étudie ainsi les liens entre variations génétiques, activité des gènes et fonctionnement de ces cellules.
Plusieurs lectures d'un même génome
Dans une présentation diffusée par Medical Xpress, l'institut Garvan décrit une première phase portant sur près de 2 000 Australiens et plus de cinq millions de cellules immunitaires pour mesurer l'activité des gènes. L'objectif du projet est d'atteindre 10 000 participants.
Les trois études abordent des aspects complémentaires : l'effet de variantes fréquentes ou rares, celui de séquences d'ADN répétées et l'accessibilité de la chromatine, c'est-à-dire l'organisation de l'ADN qui permet ou limite l'accès aux régions régulatrices. Présentation de Garvan.
Le type de cellule change l'interprétation
L'étude sur la chromatine précise son propre périmètre : après contrôle de qualité, l'analyse principale conserve environ 3,5 millions de noyaux cellulaires provenant de 922 donneurs. Les chercheurs distinguent 28 types de cellules immunitaires.
Ils rapprochent ces cartes des données sur l'expression des gènes et des études génétiques concernant 16 maladies et 44 caractéristiques du sang. Une région associée à un risque peut ainsi être examinée dans le type de cellule où son effet apparaît, plutôt que dans un échantillon sanguin considéré comme un ensemble uniforme. Étude en accès libre.
Des pistes à éprouver
Cette cartographie fournit des mécanismes possibles à explorer. L'association d'une variante, d'une région régulatrice et d'un risque ne suffit pas, à elle seule, à établir l'efficacité d'un médicament.
Garvan prévoit notamment d'élargir la diversité génétique des participants. C'est une limite concrète pour l'interprétation : la portée d'une carte dépend aussi des populations étudiées. L'intérêt immédiat est de mieux orienter les recherches biologiques ; une utilisation thérapeutique demanderait des validations supplémentaires.